Na 6ª edição da série Megaman Battle Network, a super-potência NetNavi MegaMan.exe e seu operador Lan encontrar-se em uma nova cidade, cheia de caras novas, novos aliados e inimigos, e mais importante novos desafios. Apanhado no meio de um plano para despertar um par catastrófica de entites conhecidos como Cybeasts, MegaMan.exe é infundida com dados do lendário Cybeast conhecidos como Gregar. Usando esses dados, ele é capaz de 'besta' e weild temporariamente o poder esmagador de Gregar. Lan e Megaman deve utilizar esta nova capacidade ao máximo para evitar o ressurgimento das Cybeasts - ea destruição do mundo!
